对因考核不合格而被恶意扣发年终奖的情况，公司必须基于明确的规章制度进行。如果公司没有遵循合理的制度或程序，这可能涉及违法行为。遇到这种情况，您应该积极通过法律手段维权，确保您的权益不受进一步损害。否则，可能会导致工资被非法扣除等后果。
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关于公司扣发年终奖的问题，您可以采取以下措施：首先，尝试与公司进行友好协商，寻求双方都能接受的解决方案；其次，如果协商无果，您可以考虑申请劳动仲裁；最后，如果仍然无法解决问题，您可以提起诉讼。选择哪种方式应根据具体情况来决定。
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公司扣年终奖的情况需具体分析：首先，如果公司扣发年终奖有合法理由且符合法律法规，公司应详细解释给员工听；其次，如果公司没有正当理由或违反了劳动合同规定，您可以要求公司补发奖金并支付可能的赔偿；最后，如果与公司沟通无果，您可以准备相关证据如劳动合同、工资条等，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，捍卫自己的合法权益。