公司股东变更协议需协商一致才有效。依据《公司法》和《民法典》，协议变更需转让方和受让方同意，否则无效。不及时处理可能导致股权纠纷，影响公司运营。
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公司股东变更协议常见处理方式为协商或诉讼。协商不成时，可通过法律途径解决。选择时应考虑效率、成本及对公司运营的影响，优先协商，必要时采取诉讼。
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股东变更协议需协商。操作如下：1. 双方协商一致，明确变更内容；2. 签订书面协议，确保内容合法、明确；3. 修改公司章程、股东名册等；4. 如遇纠纷，先协商后诉讼。